基本的に制作会社は工数（この作業をするのにどれくらい時間がかかるか）で費用を算出します。そのため、構築するページ数の大小が見積もりに大きく影響を及ぼします。
明確なページ数は決まっていなくても、想定しているおおよそのページ数は伝えるべきです。

最近ではレスポンシブWebデザインという、一つのHTMLをユーザーのデバイスの解像度によって最適なレイアウトに切り替えるものが主流になっております。その際に対応させるデバイス（PC・スマホ・タブレット等）の種類によって作り方（工数）が変わってくるため、見積もりに大きな影響を与えます。

Webサイトの制作にはシステム構築が絡むものがあります。その場合、その分の工数が追加されますので、予め導入したいシステムを明確にしておいた方が良いです。

しかし、何にシステムが必要なのか分からない場合があります。その際には、「このサイトを作る上での目的」や「現行Webサイトの問題点」を予め明確にしていただけると、制作会社側からニーズに合ったシステムのご提案ができます。

通販サイトを立ち上げて売上を伸ばしたいのであれば「ECシステム」、Webサイトからのお問合せを獲得したいのであれば「お問合せフォーム」、Webサイトの更新をしていきたいけど、知識やスキルを持った人が居ないのであれば「CMS」といった具合に導入システムのご提案ができます。

Webサイトのリニューアル時にシステムを導入する場合、ネックになってくるのがサーバです。Webサイトの構築・リニューアル時に新しくサーバを取得する場合は、あまり問題にはなりませんが「今あるサーバを使いたい」という場合ですと、サーバの容量・ミドルウェアなど様々な情報を、事前に制作会社に伝えておく必要があります。サーバによっては、導入予定のシステムが全く動かなかったり、調整が必要だったりする場合があるからです。

納期は発注者にとっても制作会社にとっても気になるところだと思います。当たり前ではありますが、工数に対してあまりにもタイトなスケジュールの場合、制作側はリソースの確保が必要になります。基本的にWebサイトの構築の原価は、人件費によるものが大きいため、現実的なスケジュールを引く必要があります。
また、スケジュールがあまりに短いと、発注者側が確認する時間があまり取れなくなってしまうため、満足できるサイトが構築されないケースも多いです。

上記内容以外だと、カメラマンの有無や、翻訳・取材・原稿作成の有無によっても、見積もりが大きく変わります。
もし、手持ちの素材に不安がある場合は、ある程度費用として見積もりさせた方が、リニューアル作業中に急きょ追加素材を探す、などといったトラブルを避けることができます。
また、広告の出稿や、定期的なアクセス解析などのプロモーションや効果分析作業も、予め要望として出ているのであれば明確にしておきましょう。